Anime başlangıçta(ilk 50 bölüm) manga öncesi dönemi işledi. Daha sonra ise yine anime canon olarak çeşitli arklar çıktı. Ayrıca novel kaynaklı arklar da yapıldı. Bu nedenle mangaya kıyasla anime çok daha fazla bölüme sahip ancak filler yok.
Bu anime canon kısımları ben severek izledim ama kimi sevmez ve hatta nefret eder. Bu kişisel zevke bağlı. Anime canon bölümlerde örneğin Mitsuki üzerine ark var, Kawaki üzerine ark var, Toprak Köyü arkı var, Su köyü arkı var, Sarada üzerine hikayeler var, böyle hikayeler mevcut. Yani yan karakterlerin zaman aldığı hikayeler var. Bu iyi bir şey çünkü mangada Boruto ve Kawaki dışına çıkılmıyor. Dolayısıyla yan karakterler yok hükmünde. Netice olarak izlemezsen hikaye açısından bir kaybın olmaz ama yan karakterler ile fazla yakınlaşmazsın.
Bölümleri ayırt edecek olursak:
1-18: Anime canon
19-24: Sarada novelinden
25-49: Anime canon
50-66: Manga ilk 10 bölümden
67-92: Anime canon
93-95: Naruto novelinden
96-105: Anime canon
106-111: Kakaşi, Gai ve Mirai novelinden
112-140: Anime canon
141-151: Manga 10-15 arası bölümlerden
152-177: Anime canon
178-220: Manga 16-55 arası bölümlerden
221-281:Anime canon
282-286: Sasuke novelinden
287-293: Manga 55-70 arası bölümlerden.